أفتتحت سفارة دولة قطر بجاكرتا في نوفمبر 1997م على مستوى القائم بالأعمال حيث كان سعادة/ يوسف بن حسن الساعي أول قائم بالأعمال بالإنابة يتم تعينه في إندونيسيا. ونظرا للتطور الملحوظ الذي تشهده العلاقات القطرية-الإندونيسية، تم رفع التمثيل الدبلوماسي إلى مستوى السفراء وذلك بتعين سعادة/ عبدالله طالب المري في عام 2001م كأول سفير لدولة قطر مقيم بجمهورية إندونيسيا.
في نوفمبر عام 2010م انتقلت السفارة إلى مقرها الجديد بمنطقة ميقا كونينقان (منطقة السفارات بجاكرتا) وهو مجمع ضخم يضم مقر السفارة وسكن السفير حيث تم تشييده في مساحة (5836) متر مربع وجاء تصميمه تجسيدا للملامح الثقافية والمعمارية لدولة قطر إذ أصبح من المعالم المعمارية المميزة بمنطقة ميغا كونيغان.
تقدم السفارة مجموعة من الخدمات ، فالقسم القنصلي بالسفارة مسؤول عن توثيق المستندات التجارية ومستندات إثبات الشخصية، والتوكيلات القانونية وغيرها من المستندات والوثائق المشابهة. كما أنه يقوم بإصدار التأشيرات حسب اللوائح والأنظمة المتبعة في السفارة.
كما يضطلع القسم القنصلي -بالتعاون مع قسم العلاقات العامة- بمسؤولية حماية ومساعدة الرعايا القطريين خصوصا عند تعرضهم لعقبات أو مشاكل أثناء تواجدهم في إندونيسيا.
وبالرغم من عدم وجود قسم تجاري مستقل إلا أن السفارة تقوم بواجبها نحو تعزيز العلاقات التجارية والاقتصادية مع إندونيسيا، وتقديم العون والمساعدة للشركات القطرية لتطوير أنشطتها في السوق الإندونيسي وتقديم المعلومات والمشورة التي تحتاجها حول المناخ الاستثماري والتجاري في إندونيسيا.
بينما يضطلع القسم الإعلامي والعلاقات العامة بمسؤولية تزويد وسائل الإعلام المحلية بمعلومات وبيانات حديثة عن التطورات التي تشهدها قطر على كافة الأصعدة السياسية والاقتصادية والاجتماعية والثقافية والمعمارية.